Nachdem Plankton von seiner Computer-Frau aus der gemeinsamen Wohnung geworfen wurde, steht SpongeBob ihm zur Seite, um einen Plan zu schmieden, mit dem Plankton das Herz seiner Angebeteten erneut erobern kann. Die beiden Freunde müssen zusammenarbeiten und ihre Kreativität einsetzen, um Planktons Beziehungsprobleme zu lösen.
Ein CIA-Agent wird für die Geheimoperation rekrutiert, die Welt vor einem Angriff durch Menschen aus der Zukunft zu bewahren. Hierfür soll er deren Verbindungsmann im Jetzt stoppen.
Um seinen Gegenspieler aufzuhalten, gewinnt der Agent dessen entfremdete Ehefrau sowie einen mysteriösen Spion als Verbündete. Gemeinsam müssen sie die Gesetze der Zeit überwinden, um die Auslöschung der... Tenet